Короче: то что происходит в первом сезоне - это просто одна из возможных сюжетных линий.Есть две организации Gaia и Guardian. Одни хотят уничтожить человечество, другие спасти, но при любом раскладе оно потом погибает. Кагари то существо которое уничтожит мир. В итоге парень после смерти попадает на рут "moon". Там он помнит все сюжетные линии и решает помочь Кагари спасти мир.
Ну вот как-то так.:)

Чтоб было проще понять сюжет лучше зайти на Вики и почитать там Историю. Так объяснять, что там творится довольно не просто.
Но на всякий случай СКОПИРУЮ из Вики:
История игры Rewrite вращается вокруг Котаро Тэннодзи. Он учится в средней школе и живёт в городе Кадзамацури. История начинается 4 октября 2010 года. Котаро, проявляющий интерес к исследованию неизвестных животных, общается с пятью девушками из школьного общества оккультных исследований: Котори Канбэ, Тихаей Отори, Сидзуру Накацу, Люсией Коноханой и Аканэ Сэнри (президентом клуба). Члены клуба весело проводят время, раскрывая необычные тайны Кадзамацури. Со временем Котаро влюбляется в каждую из них; войдя в одну из пяти возможных сюжетных линий, что зависит от принятых игроком решений. Во всех сюжетных линиях представлен конфликт между организациями Gaia и Guardian, хотя сами они во многом разнятся. Например, в сюжетной ветке Сидзуру Кагари удаётся начать процесс уничтожения человеческой расы. И хотя в сюжетной ветке Аканэ Кагари погибает, Gaia