История происходит в августе 2026 года на установке по подготовке Фуджи. Натори Тоуко, третий курс средней школы в Восточной частной академии обороны, закрепленной за инструктором Камия. Это было суровое обучение, но, наконец-то, последний день....
Прошло два года с тех пор, как команда супербойцов под предводительством Клауда Страйфа спасла мир от кошмарного злодея Сефирота. Настал мир, и могучий Клауд удалился от дел, поселившись в сиротском приюте, чтобы среди детей забыть о кровавых битвах...
После разрушения Нифльхейма Сеферотом, Зак и Клауд бегут из корпорации Шинра. Они стараются уйти от погони из Шинра, по пути вспоминая ужасные события, произошедшие в Нифльхейме....